Sebagian besar dari transportasi rel di Indonesia terdapat di pulau Jawa. Di pulau ini terdapat dua jalur utama yang terbentang sepanjang pulau ini serta beberapa jalur kecil. PT Kereta Api Indonesia adalah perusahaan milik negara yang menjalankan usaha kereta api di Indonesia. Selain itu terdapat juga kereta komuter yang terdapat di daerah sekitar Jakarta dan Surabaya. Daerah lain yang memiliki jalur kereta api adalah dua bagian di Sumatra.