Pertempuran Teluk Miyako adalah pertempuran laut yang terjadi pada 6 Mei 1869 di Teluk Miyako, Domain Morioka, Jepang. Pertempuran ini adalah bagian dari Pertempuran Hakodate pada tahap akhir perang saudara di Jepang yang disebut Perang Boshin. Pasukan kekaisaran dari Pemerintah Meiji yang baru dibentuk melawan pasukan pemberontak dari Keshogunan Tokugawa yang ingin mempertahankan sistem feodalisme.