Masjid Bandaraya Kota Kinabalu adalah masjid utama kedua yang dibangun di Kota Kinabalu, Sabah, Malaysia setelah Masjid Negeri Sabah. Masjid ini telah dibuka dengan resmi pada tanggal 2 Februari 2000 setelah proklamasi Kota Kinabalu sebagai sebuah kota.